Avec trois confrères, le Dr. Réjean Thomas fonde en novembre 1984, l’Annexe, qui deviendra la clinique médicale l’Actuel en 1987, Centre d’excellence ITS/VIH Sida.

En octobre 1992, Réjean Thomas reçoit le prix Hommage et Reconnaissance des médecins de coeur et d’action décerné par l’Association des médecins de langue française du Canada et l’Actualité médicale pour la pratique médicale marquée de dévouement et de haute conscience professionnelle.

Le 20 octobre 1994, le gouvernement du Québec nommait le docteur Réjean Thomas conseiller spécial à l’action humanitaire internationale du Québec, poste qu’il occupera jusqu’à janvier 1996.

Le docteur Réjean Thomas travaille à titre de Président et médecin clinicien, à la Clinique médicale l’Actuel. Il est également conseiller médical pour le Centre Hospitalier Universitaire de Montréal (CHUM), et membre associé du Centre sur le Sida de l’Université McGill.
En 1996, le docteur Réjean Thomas fonde le bureau québécois de Médecins du Monde, et en 1999 il deviendra le premier Président fondateur de Médecins du Monde Canada.

En reconnaissance de la qualité de sa contribution à la société, le Docteur Thomas recevait en mai 2001 un Doctorat honoris causa (Doctorat en sciences de la santé) de l’Université de Moncton.

En mars 2004, le Docteur Thomas s’est vu octroyer le Grade de Chevalier de l’Ordre de la Pléiade, ordre de la Francophonie et du dialogue des cultures, décernée par l’Assemblée Parlementaire de la Francophonie.

En juin 2005, le Docteur Thomas a reçu des mains du Premier ministre le titre de « Chevalier de l'Ordre national du Québec ».

Croisement entre le récit biographique, le livre d’entretiens et le portrait d’un homme et de son parcours, « Réjean Thomas, médecin de cœur, homme d’action », écrit par le journaliste et critique artistique, Luc Boulanger, est paru aux Éditions Voix parallèles en septembre 2008.